Các rủi ro tương tự như các thủ tục nội nhãn khác, nhưng cũng bao gồm từ chối ghép (suốt đời), tách hoặc di dời của cấy ghép lamellar và thất bại ghép chính.

Ngoài ra còn có nguy cơ nhiễm trùng. Vì giác mạc không có mạch máu (nó lấy chất dinh dưỡng từ chất nhãn thủy dịch) nên nó lành chậm hơn nhiều so với vết cắt trên da. Trong khi vết thương đang lành, có khả năng nó có thể bị nhiễm trùng do các vi sinh vật khác nhau. Nguy cơ này được giảm thiểu bằng cách điều trị dự phòng bằng kháng sinh (sử dụng thuốc nhỏ mắt kháng sinh, ngay cả khi không có nhiễm trùng).

Có nguy cơ từ chối giác mạc, xảy ra trong khoảng 20% trường hợp.[1] Thất bại ghép có thể xảy ra bất cứ lúc nào sau khi giác mạc đã được cấy ghép, thậm chí nhiều năm hoặc nhiều thập kỷ sau đó. Các nguyên nhân có thể khác nhau, mặc dù thường là do chấn thương hoặc bệnh tật mới. Điều trị có thể là y tế hoặc phẫu thuật, tùy thuộc vào từng trường hợp. Một nguyên nhân ban đầu, và lý do kỹ thuật của sự thất bại có thể là chỉ khâu quá chặt khi thông qua lớp màng cứng.